Sesavas pagasts atrodas Viduslatvijas zemienes Zemgales līdzenumā. Teritorijas augstums virs jūras līmeņa Z-D virzienā palielinās no 20 m līdz 40 m. Augstākā vieta ir pašā DA stūrī – 40,7 m virs jūras līmeņa. Upju tīklu veido Lielupes kreisās pietekas:

·   Vircava (garums Latvijā 45 km, pagasta teritorijā – 18 km) ar pieteku Audruvi;

·   Sesava (garums Latvijā 39 km, pagasta teritorijā – 8 km) ar pietekām Oglaini (20 km) un Skursteņu strautu (26 km).

Upju gultnes pārsvarā regulētas, (Skursteņu strauts visā garumā atgādina novadgrāvi) sausās vasarās un bargās ziemās ūdenstece gandrīz izsīkst, bet pavasara pali un lietus plūdi ir intensīvi un strauji. 

Pagastu šķērso 1. šķiras autoceļš Dobele – Bauska (P103); 2. šķiras autoceļi Platones stacija – Sesava – Lietuvas robeža (V1072), Eleja – Lielsesava (V1073), Pilsrundāle – Svitene (V1053), Staltais krogs – Skursteņskola (V1087) 

Pagasta attālums no centra līdz:

·     tālākajam pagasta stūrim ir 11,8 km (Lietuvas robeža);

·     tuvākajai pilsētai 26,5 km (Bauska);

·     novada centram 28,4 km (Jelgava), vai 30,5 km (caur Eleju);

·     tuvākās pašvaldības centrs – 8,5 km (Eleja).

Sesavas pagasts robežojas ar Elejas pagastu, Vircavas pagastu, Platones pagastu, Rundāles novada Viesturu un Svitenes pagastiem, Lietuvas Republiku.